Jerzy Skarżyński mając już 21 lat , rozpoczął systematyczny trening biegowy. Coraz większe sukcesy biegowe spowodowały, że po zakończeniu studiów zrezygnował z podjęcia pracy zawodowej. Otrzymał państwowe stypendium sportowe. Mógł żyć z biegania. Już w 1982 roku w MP w maratonie uzyskał wynik klasy mistrzowskiej krajowej., a w Wiedniu w 1984 roku klasy mistrzowskiej międzynarodowej (2:12:37), by poprawić go dwa lata później w Dębnie na 2:11:42. Był w kadrze narodowej nieprzerwanie do 1989 roku, reprezentując Polskę na najpoważniejszych imprezach: w Mistrzostwach Europy (Stuttgart-1986), w Pucharze Świata (Hiroszima-1985), w Pucharach Europy (Laredo-1983; Rzym-1985; Huy-1988). Ciągle jeszcze jest rekordzistą Polski na dystansie 30 km. Trzykrotnie wywalczył medale Mistrzostw Polski w Maratonie (brązowe w 1985 i 1986 oraz srebrny w 1988 roku).

Po zakończeniu zawodowej kariery sportowej, w 1992 roku, kontynuował pracę jako trener. Zajął się też pracą dziennikarską oraz organizacją imprez biegowych. Swoje doświadczenia zawodnicze i trenerskie postanowił przekazać innym. Napisał i wydał trzy książki popularyzujące bieganie: "Biegiem po zdrowie" (2002), "Bieg maratoński" (2004) oraz "Biegiem przez życie" (2006), będącą rozszerzoną i unowocześnioną wersją bestsellerowej "Biegiem po zdrowie". Współpracował jako ekspert z wieloma tytułami z branży biegowej. Ciągle biega. Od roku 1996 bierze udział w MP Weteranów, zostając kilkakrotnie mistrzem i rekordzistą tych mistrzostw. W roku 2002 na dystansie 10 000 m wywalczył w Poczdamie brązowy medal Mistrzostw Europy Weteranów w kategorii M 45, zaś w 2006 - już jako 50-latek - został na tym dystansie wicemistrzem Europy. Przebiegł już na treningach i na zawodach ponad 135 000 km. I ciągle biega, choć wielu wróżyło mu po zakończeniu wyczynowej kariery maratońskiej... wózek inwalidzki. Jeśli wie się, jak to robić - nic nam nie grozi! Ja wiem. - mówi.